提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
楚国的家具几乎都以红色为主,这有什么讲究吗?(4)******
到了战国后期,随着冶铁的发展,铁器得到推广,这为漆器制作提供了很好的工具基础。从漆器的造型上看,楚国的漆器更体现了楚国人浪漫的天性特点,漆器的样式也不受北方礼乐制度的约束,创造了一种崇尚自由的社会风气。同时,由于楚国好巫术,所以在漆器中能看到具有巫文化色彩的丧葬器物,这些器物给观者一种神秘感。
从漆器的制作我们也可以发现,漆器其实象征了楚国对美学与艺术的追求。楚国人崇尚火,所以红色是他们主要的生活基调,而漆器恰恰又是以红色为主。
《芈月传》中楚国朝堂尚红
楚国的漆器从诞生到发展,经历了一个非常复杂的过程,但在今天两湖一带,我们依然可以在博物馆中寻觅到各具特色的楚国漆器,这些漆器在一定程度上展现了楚国文化的风采与韵律。今天,漆器的制作在湖北一带依然盛行,目前我国已经将这种漆器的制作手艺列为国家非物质文化遗产名录。这种传承数千年的技法,经历了两千年的风雨后,至今依然熠熠生辉。
参考文献
中国国家地理编辑部:《中国国家地理》(湖北专刊下),2019年第2期。
鲁西奇:《中国历史上的空间结构》,华中大学出版社2015年版。